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Jedes Element in FlexiLayout verfügt über einen wichtigen Parameter namens MaxHypothesesCount. Mit diesem Parameter kann der Benutzer die Anzahl der Hypothesen begrenzen, die das Programm bei der Suche nach dem nachfolgenden Element berücksichtigen darf. Standardmäßig ist dieser Parameter für einfache Elemente auf 5 und für Group-Elemente auf 1 gesetzt. Das bedeutet: Wenn das Programm 15 Hypothesen für ein bestimmtes Element findet, wählt es die besten fünf aus; die übrigen 10 Hypothesenketten bleiben unvollständig. Group-Elemente werden in der Regel zuverlässiger erkannt als einfache Elemente. Daher erweist sich die beste Hypothese für ein Group-Element meist als korrekt. In den meisten Fällen verfügt das Programm über mehrere unvollständige Hypothesenketten und folglich über mehrere mögliche Suchrichtungen. Das Programm sucht die beste Hypothese mithilfe des klassischen „Breitensuche“-Algorithmus. Das bedeutet, dass das Programm stets versucht, die Kette zu vervollständigen, die aktuell die höchste Qualität aufweist – unabhängig von ihrer Länge. Angenommen, wir haben ein FlexiLayout, das 30 Elemente beschreibt, für die zwei Hypothesenketten erstellt wurden: eine Kette mit 29 Elementen mit einer geschätzten Qualität von 0,89 und eine Kette mit 2 Elementen mit einer geschätzten Qualität von 0,92. Das Programm versucht, die kleinere, qualitativ bessere Kette zu vervollständigen, bis zu dem Zeitpunkt, an dem die Qualität aller ihrer Erweiterungen schlechter ist als die der ersten Kette. Bei einem Group-Element verwendet das Programm die sogenannte Qualitätsoptimierung. Wenn das Programm eine ideale, vollständige Hypothesenkette für ein bestimmtes Group-Element findet (d. h. die Qualität dieser Kette beträgt 1), ignoriert es alle anderen Varianten. Die Gesamtzahl der Hypothesen für jedes Element ist auf 10.000 begrenzt. Die Anzahl der für ein Element erzeugten Hypothesen kann die in MaxHypothesesCount festgelegte Zahl überschreiten. In diesem Fall gelangen nur die vorgegebene Anzahl der besten Hypothesen in den Hypothesenbaum.