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Jedes Element in einem FlexiLayout hat einen wichtigen Parameter namens MaxHypothesesCount. Mit diesem Parameter kann der Benutzer die Anzahl der Hypothesen begrenzen, die das Programm bei der Suche nach dem nächsten Element verwenden darf. Standardmäßig ist dieser Parameter für einfache Elemente auf 5 und für Gruppenelemente auf 1 gesetzt. Das bedeutet: Wenn das Programm 15 Hypothesen für ein bestimmtes Element findet, wählt es die fünf besten aus und lässt die übrigen 10 Hypothesenketten unvollständig. Gruppenelemente werden in der Regel zuverlässiger erkannt als einfache Elemente. Daher erweist sich die beste Hypothese für ein Gruppenelement meist als die richtige. In den meisten Fällen hat das Programm mehrere unvollständige Hypothesenketten und folglich mehrere mögliche Suchrichtungen. Das Programm sucht die beste Hypothese mithilfe des klassischen „Breitensuche“-Algorithmus. Dieser Algorithmus bedeutet, dass das Programm stets versucht, die Kette zu vervollständigen, die aktuell die höchste Qualität aufweist – unabhängig von ihrer Länge. Angenommen, wir haben ein FlexiLayout, das 30 Elemente beschreibt, und es wurden zwei Hypothesenketten erstellt: eine Kette aus 29 Elementen mit einer geschätzten Qualität von 0,89 und eine Kette aus 2 Elementen mit einer geschätzten Qualität von 0,92. Das Programm wird versuchen, die kleinere, qualitativ bessere Kette zu vervollständigen, bis die Qualitäten all ihrer Erweiterungen schlechter werden als die der ersten Kette. Bei einem Gruppenelement verwendet das Programm eine sogenannte Qualitätsoptimierung. Wenn das Programm eine ideale, vollständige Hypothesenkette für ein bestimmtes Gruppenelement findet (das heißt, die Qualität dieser Kette beträgt 1), ignoriert es alle anderen Varianten. Die Gesamtzahl der Hypothesen pro Element ist auf 10.000 begrenzt. Die Anzahl der für ein Element erzeugten Hypothesen kann die im MaxHypothesesCount festgelegte Zahl überschreiten. In diesem Fall gelangen nur die vom Benutzer festgelegte Anzahl der besten Hypothesen in den Hypothesenbaum.